Có mặt từ năm 1865, cụ tổ của dòng họ Nguyễn Duy là người đầu tiên làm ra chiếc bánh cốm. Cái tên “Nguyên Ninh” có hàm nghĩa bánh cốm sẽ mang trọn nguyên gốc làng Yên Ninh, do trước kia phố Hàng Than thuộc làng Yên Ninh, tổng Yên Thành, ngoại thành Hà Nội. Thời gian đầu, những chiếc bánh cốm được bán ở chợ Đồng Xuân và nhanh chóng nổi tiếng khắp Thủ đô bởi hương vị thơm ngon, dễ ăn, lại đượm chất thu vốn có của Hà Nội. Trải qua 6 đời làm bánh, chất lượng và uy tín của bánh cốm Nguyên Ninh vẫn được duy trì nhờ bí quyết riêng chỉ được truyền dạy cho con cháu trong nhà hơn 150 năm.